I phylum non ancora riconosciuti: Korarchaeota e Nanoarchaeota

Il phylum Korarchaeota non è ancora ufficialmente riconosciuto e la sua identificazione è basata su alcune sequenze 16S rDNA ottenute per PCR. I Korarcheoti sono però stati identificati finora in un solo sito, una sorgente calda di Yellowstone e le colture sono state effettuate solo in consorzio con altri Archea. Quello che comunque viene da pensare è che la biodiversità microbica è probabilmente ancora più ampia delle attuali stime, anche per quello che riguarda gli archea. Del phylum Nanoarcheota, invece possiamo dire che, tra il 2002 e il 2003 è stata descritta una co-coltura, isolata da un habitat idrotermale sottomarino in Islanda, formata da un nuovo ceppo di Ignicoccus e da un altro Archaea, un piccolo cocco (0,4 μm) che cresce attaccato alla superficie di Ignicoccus ed è stato quindi chiamato Nanoarchaeum equitans. Talvolta si può osservare anche come cellula singola o in coppia e munito di un flagello, ma in co-coltura cresce soltanto in associazione con Ignicoccus a 90° (max 98°) e in anaerobiosi (atmosfera H2 + CO2 80:20) in presenza di zolfo (S) con produzione di H2S.  N. equitans ha un genoma stimato di circa 490 Kb, quindi il più piccolo genoma di Archaea finora noto. Genomi di piccole dimensioni sono molto comuni tra batteri parassiti obbligati o simbionti. Le dimensioni cellulari e “genomiche” di N. equitans sono vicine ai supposti limiti teorici di una cellula vivente (ad esempio, il volume è meno dell' 1% del volume di una cellula di E.coli). La sequenza del suo gene 16S rRNA è unica, con molti cambiamenti di nucleotidi anche nelle regioni altamente conservate; tuttavia la struttura secondaria più probabile mostra tutte le caratteristiche tipiche dei 16S RNA degli Archaea. Ad oggi sono stati isolati altri tre 16S rRNA “tipo Nanoarcheota” mediante PCR di campioni di DNA da vari habitat marini ad alta temperatura.