Caratteristiche strutturali delle regioni variabili e ruolo nel legame con l'antigene

La maggior parte delle differenze di sequenza tra i diversi anticorpi si concentra in tre brevi segmenti della regione V della catena pesante e in tre brevi segmenti sempre della regione V della catena leggera. Questi tre brevi segmenti sono detti regioni ipervariabili e corrispondono alle tre anse che fuoriescono dalla struttura e che connettono i nastri adiacenti dei foglietti β che costituiscono i domini V delle catene pesanti e leggere delle Ig. Le regioni ipervariabili hanno una lunghezza i circa 10 amminoacidi. In un anticorpo, le tre regioni ipervariabili del dominio VL e quelle del dominio VH si associano a formare una struttura tridimensionale che costituisce il sito di legame per l'antigene. Poiché queste sequenze formano una superficie che è complementare alla struttura tridimensionale dell'antigene, le regioni ipervariabili sono dette anche regioni che determinano la complementarietà (Complementary-Determining Regions, CDR). Partendo dalle estremità amino-terminali dei domini  VH o VH , queste regioni sono chiamate CDR1,CDR2 e CDR 3. Le regioni CDR3 sono quelle che presentano il maggior grado di variabilità.
Le analisi cristallografiche degli anticorpi hanno mostrato che le CDR formano anse che sono esposte sulla superficie anticorpale e che quindi sono disponibili per l'interazione con l'antigene e che le regioni ipervariabili formano contatti multipli con l'antigene stesso. Il contatto più esteso è quello che avviene a livello della terza regione (CDR3), che è anche quella con il maggior grado di variabilità. Tuttavia, la capacità di legare un antigene non dipende esclusivamente dalle CDR, ma anche da altri residui delle regioni conservate che possono venire a contatto con l'antigene.