Altri marcatori

I primi marcatori molecolari ad essere studiati furono gli RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphism):particolari tratti di DNA presenti nella popolazione e trasmessi in modo ereditario.
La regione del genoma di interesse viene amplificata tramite PCR e i prodotti ottenuti vengono incubati con un enzima di restrizione in grado di riconoscere una sequenza specifica e di catalizzare una reazione di taglio al suo interno. Questi enzimi di restrizione sono proteine che riconoscono e tagliano una precisa sequenza di basi sul DNA; tali sequenze sono dette sequenze consenso e sono lunghe dalle 4 alle 8 basi. L’enzima taglia entrambi i filamenti di DNA, riconoscendo su entrambi la sequenza di basi consenso, pertanto tali sequenze sono polidrome. Mediante elettroforesi su gel di agarosio si è in grado di determinare se il frammento amplificato è stato tagliato o meno, cioè se la sequenza specifica riconosciuta dall’enzima è presente inalterata oppure no. I frammenti possono avere lunghezza diversa nei diversi individui ma anche tra i due cromosomi di uno stesso individuo, ciò è possibile se tra due siti di restrizione è presente una sequenza che può variare in lunghezza (VNTR)o se esiste una variante polimorfa che introduce o elimina un altro sito di restrizione per lo stesso enzima modificando la grandezza dei frammenti ottenuti per digestione. Uno svantaggio di questo tipo di marcatori è dato dalla loro bassa informatività. Infatti gli RFLP presentano solo due alleli possibili: il sito di restrizione può essere intatto oppure no. L’impiego di questi marcatori per eseguire la mappa genetica di patologie è poco attuabile in quanto troppo spesso delle meiosi chiave in una famiglia risultano non informative. Occorre un pedigree completo con entrambi genitori e un precedente figlio e trovare un enzima di restrizione che nel genitore affetto frammenti il DNA in modo tale da creare una situazione di eterozigosi. Altri marcatori sono gli AFLP (amplified fragment lenght polymorphism) i quali non richiedono conoscenza a priori di sequenze genomiche per la costruzione dei primer, con messa a punto rapida, presentano tempi di analisi più lunghi rispetto ai microsatelliti.