Virus a RNA e classe III: RNA a doppio filamento

Come sappiamo possiamo distinguerne diversi tipi di virus a RNA:
Abbiamo i virus a polarità positiva che hanno un RNA con la stessa polarità degli mRNA. Quindi un RNA che può subito legare i ribosomi ed essere tradotto. Essi codificano per una propria RNA polimerasi RNA-dipendente. Solo alcuni virus a RNA a polarità positiva sono provvisti di involucro (Sindbis).
Poi abbiamo virus a polarità negativa con genoma complementare all'mRNA e quindi non in grado di legarsi ai ribosomi. In questo caso necessita di sintetizzare degli mRNA per sintetizzare le sue proteine. I virus a RNA negativo devono avere una RNA polimerasi RNA- dipendente per trascrivere il loro genoma. Da un punto di vista morfologico i virus a hanno un involucro (VSV, influenza ecc).
Poi abbiamo virus a doppio filamento formati da un filamento negativo appaiato ad uno positivo. Anche questi virus devono avere una trascrittasi (RNA polimerasi RNA- dipendente) in quanto essi replicano nel citoplasma dove non ci sono enzimi con questa attività. Questi virus (reovirus) hanno un capside doppio.
I virus a a RNA replicano nel citoplasma, eccetto il virus dell'influenza ed i retrovirus. Questo comporta degli svantaggi: tutti virus a RNA devono sempre e comunque codificare per una RNA polimerasi RNA-dipendente, in quanto nella cellula ospite non esiste questo enzima. Lo stesso enzima  può essere anche usato sia per la trascrizione che per la replicazione del genoma, quindi un solo enzima per due funzioni. Le RNA polimerasi RNA-dipendenti non hanno funzioni di editing quindi non possono correggere errori durante la sintesi, errori che si accumulano portando ad una evoluzione più rapida di questi virus. Però necessitano spesso, per la loro funzione, di proteine accessorie di origine cellulare o virale. Solo alcune hanno bisogno di primer come proteine legate al 5'; altre RNA polimerasi usano invece come primer delle strutture cap al 5' degli mRNA. I virus a RNA penetrano o per fusione o per endocitosi ed il capside in entrambi i casi viene trasportato a siti di replicazione specifici. I siti di replicazione sono le membrane del reticolo endoplasmatico o del Golgi. La trascrizione di questi virus è regolata da meccanismi molto specifici ma, nonostante tutto, i trascritti di questi RNA devono essere analoghi agli mRNA cellulari per esser letti e tradotti dai ribosomi: quindi devono essere RNA monocistronici con cap e coda di poly-A.
L'unica famiglia di virus a RNA a doppio filamento è quella dei reovirus che danno patologie respiratorie. Questi virus hanno un genoma segmentato (10-11) a RNA a doppio filamento con ogni segmento che codifica per una proteina. Sono virus a capside icosaedrico doppio, ovvero hanno due strati capsidici uno su l'altro che racchiudono il nucleocapside in cui risiede l'RNA; non hanno chiaramente envelope. Questi virus vengono acquisiti dalla cellula tramite endocitosi e sono gli unici virus a rimanere nell'endosoma fino a livello del lisosoma. Questi virus non hanno un meccanismo legato all'acidificazione. Quando si raggiunge lo stato di endolisosoma si degradano i due strati superiori e si mantiene solo il nucleocapside che contiene gli RNA e la RNA polimerasi associata ai vari segmenti. Da questa particella subvirale la polimerasi si attiva e inizia la trascrizione usando come stampo l'RNA di polarità negativa. Questi RNA vengono sintetizzati dentro un piccolo capside icosaedrico che ai 12 vertici ha un foro da cui possono fuoriuscire gli mRNA che si legano ai ribosomi e codificano per le varie proteine. Quando si sono formate le varie proteine (circa 10-11 proteine per 10-11 segmenti), ricostituiscono delle particelle subvirali in cui viene incorporata una molecola di RNA messaggero che, insieme alla RNA polimerasi, trascrive questa molecola di RNA messaggero per riformare il genoma a doppio filamento. Non hanno glicoproteine e quindi la loro maturazione avviene in zone della cellula, come il reticolo endoplasmatico, dove le particelle subvirali vengono completate per autoassemblamento dei due strati sovrastanti di capsidi icosaedrici che poi escono tramite lisi della cellula o tramite esocitosi.