Descrizione del genoma dei retrovirus

Vediamo nei dettagli quali altre sequenze ribonucleoproteiche sono presenti nel genoma dei retrovirus. All’estremità 5’ è presente un Cap, seguito da una sequenza R, che troviamo identica (ossia è una sequenza ripetuta) all’estremità opposta 3’. Tornando all’estremità 5’, subito dopo la sequenza R, troviamo una sequenza U5, U sta per “unica”: questa sequenza è esclusivamente presente nelle vicinanze del 5’ dell’RNA genomico dei retrovirus. Dopo la sequenza U5 c’è la zona PBS, che è il sito di binding del primer (sito di legame del primer). Su questo genoma funziona la trascrittasi inversa, che ha necessità di un primer, rappresentato da una molecola di RNA transfer che si lega in questo punto siglato PBS. Questo transfer è un costituente della particella virale. Quando si replica all’interno della cellula ospite il retrovirus incorpora nella particella virale che si sta formando, un transfer della cellula, questo passaggio è importante perché consentirà al virus, quando andrà ad infettare un’altra cellula, di realizzare il processo di trascrizione, il transfer si lega al PBS e questo è il punto di inizio del processo di retrotrascrizione. Subito dopo il PBS abbiamo una regione di splicing, poi i tre geni gag, pol ed env e poi ci spostiamo verso l’estremità 3’, anche qui un segnale 3’ di splicing e poi una sequenza ppt, che vuol dire tratto polipurinico, ossia un tratto dell’RNA ricco di basi puriniche, seguito da una sequenza unica dell’estremità 3’, la sequenza U3. Accanto a questa regione troviamo la sequenza R, che è la sequenza direttamente ripetuta della sequenza R all’estremità 5’. Per concludere la descrizione del genoma, è presente una coda di poli(A). A dispetto del Cap e di una coda di poli(A), questo RNA a polarità positiva non funge da messaggero.