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A comparison of meta-analysis methods for detecting differentially expressed genes in microarray experiments: An application to malignant pleural mesothelioma data.

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102 INDEX ABSTRACT_______________________________________________ 1 1 INTRODUCTION ______________________________________ 3 1.1 AIM OF THE STUDY _________________________________________ 6 2 BACKGROUND _______________________________________ 8 2.1 IDENTIFICATION OF SUITABLE MICROARRAY STUDIES _____________ 9 2.2 EXTRACTION OF THE DATA FROM STUDIES _____________________ 11 2.2.1 MICROARRAY STANDARDS AND REPOSITORIES __________________ 12 2.2.2 CROSS-PLATFORM COMPARABILITY ___________________________ 14 2.3 PREPARATION OF THE INDIVIDUAL DATASETS___________________ 16 2.4 ANNOTATION OF THE INDIVIDUAL DATASETS ___________________ 19 3 STATISTICAL METHODS FOR MICROARRAY DATA META- ANALYSIS __________________________________________________ 24 3.1 VOTE COUNTING __________________________________________ 27 3.2 COMBINING P-VALUES _____________________________________ 28 3.2.1 FISHER’S METHOD _________________________________________ 29 3.2.2 STOUFFER’S METHOD ______________________________________ 30 3.2.3 MINP AND MAXP METHODS _________________________________ 31 3.3 COMBINING EFFECT SIZES ___________________________________ 32 3.4 COMBINING RANKS ________________________________________ 43 3.5 AVAILABLE SOFTWARE _____________________________________ 47 4 APPLICATION TO REAL DATASETS _______________________ 50 4.1 MATERIALS AND METHODS _________________________________ 50 4.1.1 DATA COLLECTION _________________________________________ 50 4.1.2 DATA PREPROCESSING _____________________________________ 51 4.1.3 DATA ANNOTATION ________________________________________ 52 4.1.4 GENE FILTERING___________________________________________ 53 103 4.1.5 DATA META-ANALYSIS ______________________________________ 54 4.2 RESULTS _________________________________________________ 55 4.2.1 COMPARISONS AMONG THE DEGS LISTS AT PATHWAY-LEVEL _______ 73 4.3 DISCUSSION ______________________________________________ 80 5 CONCLUSIONS ______________________________________ 85 BIBLIOGRAPHY __________________________________________ 88 INDEX ________________________________________________ 102
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A comparison of meta-analysis methods for detecting differentially expressed genes in microarray experiments: An application to malignant pleural mesothelioma data.

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Informazioni tesi

  Autore: Manuela Di Russo
  Tipo: Tesi di Dottorato
Dottorato in Esplorazione molecolare, metabolica e funzionale del sistema nervoso e degli organi di senso
Anno: 2013
Docente/Relatore: Pellegrini Silvia
Istituito da: Università degli Studi di Pisa
Dipartimento: Patologia Chirurgica, Medica, Molecolare
  Lingua: Inglese
  Num. pagine: 103

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Parole chiave

microarray
espressione genica
meta analisi
mesotelioma maligno della pleura

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