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Coreografia di web service e algoritmi di predizione per l’applicazione clinica della proteomica

Informazioni tesi

  Autore: Marisabel Cafferata
  Tipo: Tesi di Laurea Magistrale
  Anno: 2009-10
  Università: Università degli studi di Genova
  Facoltà: Ingegneria
  Corso: Bioingegneria
  Relatore: Mauro Giacomini
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 126

Il lavoro di tesi consiste nella lavorazione ad un sito web che permetta l’inserimento, la visualizzazione e l’estrazione, mediante web services, di informazioni nuove rispetto a quelle già ricercate su diverse proteine con l’obiettivo di estrarre ciò che può essere utile alla ricerca proteomica in forma, non ridondante, lineare, chiara e precisa.
L’ultima parte del lavoro prevede lo studio di diversi algoritmi di predizione della struttura secondaria delle proteine con l’obiettivo di implementare un sistema che permetta di individuare segmenti di una proteina con determinate caratteristiche anche nel caso in cui non siano proteine note e quindi non vi siano ancora informazioni su di esse nei database analizzati.

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Introduzione INTRODUZIONE IL PROGETTO PROTMINE NEW Il lavoro di tesi ha permesso di aggiungere nuove funzionalità al progetto “Protmine New”, nato dalla collaborazione tra il Laboratorio Centrale dell’Ospedale G. Gaslini di Genova ed il laboratorio Medinfo del Dipartimento di Informatica, Sistemistica e Telematica (DIST) dell’Università di Genova per fornire ai ricercatori medici uno strumento di consultazione scientifica di facile utilizzo. La ricerca biomedica utilizza enormi volumi di informazioni e produce una quantità sempre crescente di dati, con un trend di aumento del 30/40% all’anno. Alcuni settori, tra i quali la genomica e la proteomica, contribuiscono alla realizzazione di banche dati di rilevanti dimensioni. Le conoscenze vengono organizzate in database del tutto eterogenei tra loro, alcuni gestiti da Centri, quali EBI, NCBI, DDBJ, molti con caratteristiche particolari e specializzati su tematiche specifiche (gene/genoma, organismo, malattia, mutazione, etc...), altri invece sono sviluppati da singoli ricercatori o da piccoli gruppi. In generale hanno strutture dati, DBMS e metodi di distribuzione differenti e diversa è la semantica e l’informazione che contengono. Una tale enorme quantità di dati 1

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