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Proteomica comparativa applicata allo studio di specifici profili proteici

Informazioni tesi

  Autore: Antonio Rosato
  Tipo: Laurea liv.II (specialistica)
  Anno: 2012-13
  Università: Università degli Studi di Bari
  Facoltà: Chimica
  Corso: Scienze chimiche
  Relatore: Gerardo Palazzo
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 117

Il presente lavoro di tesi verte sull’analisi proteomica di un pool proteico estratto da fibroblasti espiantati da quattro soggetti: due controlli sani e due pazienti affetti da Parkinson’s disease nella variante autosomica recessiva.
Tale studio si realizza mediante l’applicazione di tecnologie quali:
• Elettroforesi bidimensionale;
• Spettrometria di massa.
L’analisi della mappa proteomica di tale pool ha focalizzato la nostra attenzione su un cluster di spot caratterizzato da un pattern di risoluzione caratteristico: si tratta di tre spot che migrano come “pearl chain “. Essi occupano sulla mappa proteomica posizioni in cui il loro punto isoelettrico assume valori di pH crescenti. Ma anche in seconda dimensione la migrazione di questi tre spot è ulteriormente risolta e i tre spot hanno anche un differente peso molecolare. Non solo, ma ciascuno dei tre spot è accompagnato do uno spot “satellite” che mostra lo stesso andamento degli spot maggiormente espressi.
Tali spot sono stati sistematicamente analizzati mediante spettrometria di massa MALDI-TOF e l’identificazione per tutti è stata la Vimentina, una proteina di circa 54 KDa e punto isoelettrico di circa 5 appartenente alla famiglia dei filamenti intermedi, coinvolta nell’ancoraggio degli organelli nel citosol e con importanti funzioni strutturali.
Il caratteristico pattern secondo cui erano risolti gli spot, ha portato a pensare che la Vimentina fosse soggetta a modificazioni post-traduzionali.
È stato condotto quindi uno studio sulle possibili acetilazioni e fosforilazioni (modificazioni post-traduzionali noti dalla banca dati UniProt).
I dati ottenuti forniscono solo un’indicazione sulla presenza di residui fosforilati e acetilati della Vimentina. Questi risultati richiederanno ulteriori indagini per confermare e approfondire i dati ottenuti.

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Tesi  di  Laurea  Magistrale  in  Scienze  Chimiche   Antonio  Rosato       1.  Introduzione       1   1.  INTRODUZIONE   L’attività  di  ricerca  che  ho  svolto  per  la  preparazione  della  mia  tesi  di  laurea   è  stata  incentrata   sullo  studio  del  profilo  di  espressione  proteica  in   fibroblasti  di   pazienti  affetti  da  Parkinson   giovanile.     La  Malattia  di  Parkinson  (PD)   è  un   disturbo  neuro-­‐degenerativo  caratterizzato   dalla  morte  dei   neuroni   dopaminergici   mediante   un   meccanismo   patogenetico   ancora   sconosciuto[ 1 ].   Sembrerebbe  che  il  morbo  di  Parkinson  sia  dovuto  ad  una   complessa  interazione  tra  fattori   genetici  e  ambientali  che  comporta   una  trasformazione  anomala  di  più   proteine  neuronali.   Alcune  mutazioni  geniche  possono  svolgere  un  ruolo  essenziale  nella  trasmissione  autosomica   recessiva  del  PD.  Esplorare   nuove   ipotesi   sull’insorgenza   della   malattia   e   identificare   biomarcatori   affidabili   a   scopi   diagnostici,   prognostici   e   di   monitoraggio   terapeutico,   sono   obiettivi  fondamentali  della  ricerca  in  questo  campo.     Nel  presente  studio   è  stato   applicato  un  approccio  di  proteomica  comparativa,  con  l’impiego   di   tecnologie  quali:     • Elettroforesi  bidimensionale  corredata  di  un  potente  software  di  analisi  delle  immagini   applicata  alla  separazione  di  proteine  estratte  da  fibroblasti;   • Spettrometria   di  massa  applicata  alla   caratterizzazione   dei   profili   di   espressione   proteica  separate  mediante  l’elettroforesi.     Le  attività  di  questi  mesi  di  tirocinio  si  sono  svolte  principalmente  presso   i  laboratori  del   Dipartimento   di   Scienze   Mediche   di   Base,   Scienze   Neurologiche   ed   Organi   di   Senso   (D.S.M.B.N.O.S.)  del  Policlinico  di  Bari   e  presso  il  laboratorio  di  Proteomica  del  dipartimento  di   chimica  della  facoltà  di  Scienze  Matematiche  Fisiche  e  Naturali  dell’università  degli  studi  di  Bari.   Ho  frequentato  inoltre  un  breve  training   presso  il  centro   di  spettrometria  di  massa   proteomica   e  biomolecolare   dell’I.S.A.  (Istituto  di  Scienze  dell’A limentazione)  –  C.N.R.  di  Avellino   che  mi   hanno  permesso  di  acquisire   informazioni  sulla  spettrometria  di  massa   come  strumento  per   l’indagine  proteomica.  

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Parole chiave

database
proteomica
maldi-tof
elettroforesi bidimensionale
modifiche post-traduzionali

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