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Inferenza Filogenetica con il metodo della Minima Evoluzione Bilanciata

La filogenesi molecolare è una branca della biologia che si occupa di determinare gerarchicamente le relazioni evolutive fra organismi, che nel seguito chiameremo anche taxa. Tale operazione trova applicazione in svariati ambiti quali ricerche tossicologiche, epidemiologia e dinamica delle popolazioni.
Il problema che si intende risolvere è denominato Inferenza Filogenetica. Le informazioni disponibili sono misure di diversità biologica fra gli organismi, solitamente percentuali di sequenze di DNA o RNA dissimili, estratte da esemplari di tali specie, in rapporto alla lunghezza complessiva dei codoni. Ciò che interessa determinare è il processo evolutivo che ha condotto alla diversificazione di tali taxa a partire da un, ipotetico, antenato comune.
Nel capitolo 2 vedremo in che modo si possa modellizzare tale processo.
Successivamente, nel capitolo 3, entreremo nel merito del problema, elencandone le diverse istanze e motivando la preferenza per quella basata sul metodo della Minima Evoluzione. Al capitolo 4 introdurremo la variante del criterio della Minima Evoluzione detta Bilanciata, analizzando i suoi vantaggi dal punto di vista della coerenza biologica, da quello computazionale e soprattutto da quello statistico. Infine nel capitolo 5 presenteremo gli approcci risolutivi alla Minima Evoluzione Bilanciata, prima basandoci su algoritmi costruiti ad hoc e in seguito formulando l’intero problema in termini di Programmazione Lineare Intera.

Tesi completa (archivio tesi dell'Università di Padova):
http://tesi.cab.unipd.it/45332/1/zaccaria_f_Tesi.pdf

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Capitolo 1 Sommario La filogenesi molecolare è una branca della biologia che si occupa di determinare gerarchicamente le relazioni evolutive fra organismi, che nel seguito chiameremo anche taxa. Tale operazione trova applicazione in svariati ambiti quali ricerche tossicologiche, epidemiologia e dinamica delle popolazioni. Il problema che si intende risolvere è denominato Inferenza Filogene- tica. Le informazioni disponibili sono misure di diversità biologica fra gli organismi, solitamente percentuali di sequenze di DNA o RNA dissimili, estratte da esemplari di tali specie, in rapporto alla lunghezza comples- siva dei codoni. Ciò che interessa determinare è il processo evolutivo che ha condotto alla diversificazione di tali taxa a partire da un, ipotetico, antenato comune. Nel capitolo 2 vedremo in che modo si possa modellizzare tale proces- so. Successivamente, nel capitolo 3, entreremo nel merito del problema, elencandone le diverse istanze e motivando la preferenza per quella ba- sata sul metodo della Minima Evoluzione. Al capitolo 4 introdurremo la variante del criterio della Minima Evoluzione detta Bilanciata, analizzan- do i suoi vantaggi dal punto di vista della coerenza biologica, da quello computazionale e soprattutto da quello statistico. Infine nel capitolo 5 presenteremo gli approcci risolutivi alla Minima Evoluzione Bilanciata, prima basandoci su algoritmi costruiti ad hoc e in seguito formulando l’intero problema in termini di Programmazione Lineare Intera. 1

Laurea liv.I

Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali

Autore: Francesco Zaccaria Contatta »

Composta da 63 pagine.

 

Questa tesi ha raggiunto 717 click dal 07/04/2014.

Disponibile in PDF, la consultazione è esclusivamente in formato digitale.