Coreografia di web service e algoritmi di predizione per l’applicazione clinica della proteomica

Le scoperte sempre più veloci nel campo della biologia hanno aperto e aprono ancora nuovi scenari che si presentano ogni volta più complessi: in particolare nel campo della genetica si assiste al moltiplicarsi di dati ed informazioni, che portano gli scienziati a cercare collaborazione nei campi dell’ingegneria e dell’informatica.
Inizialmente intesi per gestire i dati, i centri bioinformatici hanno fornito svariati tentativi di creare modelli matematici e informatici per la biologia, e incoraggiato la costruzione di nuovi ponti tra biologia sperimentale e teorica da un lato e biologia pura e applicata dall’altro.
Le banche dati contengono numerose e preziose informazioni ottenute o direttamente dagli esperimenti compiuti in laboratorio o dalla letteratura scientifica e sono costituite da diverse voci (entry), ciascuna contenente informazioni sull’oggetto caratteristico della banca dati. La difficoltà spesso è però riuscire ad automatizzare l’interazione con più database al fine di raccogliere da ognuno di essi le informazioni più utili per un determinato tipo di ricerca. Gli ostacoli che si incontrano in particolare dipendono dal fatto che:
1) le piattaforme sulle quali risiedono le applicazioni sono eterogenee
2) la loro interfaccia web è facile da interrogare da un ricercatore ma non è facile la comunicazione tra macchine.
3) non usano un formato standard per l’input e l’output dei dati.
4) non si avvalgono di standard per definire l'interfaccia dell’applicazione e i messaggi di comunicazione.
5) protocolli esistenti per comunicazione remota spesso danno problemi con i firewall.
L’utilizzo dei Web services rappresenta una possibile risposta per creare un insieme di servizi web che operino insieme per risolvere il problema dell’integrazione delle informazioni tra le varie banche dati e questa composizione in un processo funzionale e ripetibile è chiamata coreografia di web service.
Il Web Service, secondo la definizione data dal W3C, è un sistema software progettato per l’interoperabilità fra diversi elaboratori collegati in una medesima rete. La sua principale connotazione è quella di offrire un’interfaccia software WSD (Web Services Description), con cui altri sistemi interagiscono per mezzo di messaggi formattati in XML e trasportati mediante gli usuali protocolli di Internet. In altre parole, il sistema dei Web Services, utilizzando un set base di protocolli disponibili ovunque, ha standardizzato i meccanismi con cui macchine diverse possono interagire fra loro, fornendo dei servizi. Inoltre il sistema mantiene la possibilità di utilizzare protocolli sempre più avanzati e specializzati per effettuare compiti specifici. Questo è il motivo per cui i Web Services hanno assunto una grande importanza e stanno diventando uno standard di fatto; infatti sono utilizzati da aziende, da ricercatori, da servizi commerciali e così via.