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Caratterizzazione e cristallizzazione di sequenze oligonucleotidiche ricche in guanina formanti quadruple eliche di DNA

Estratto della Tesi di Elda Trimarco

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24 La spettroscopia CD presenta diversi vantaggi rispetto agli altri metodi di analisi conformazionale. Prima di tutto è un metodo altamente sensibile, il che consente di lavorare con quantità piccolissime (20μg/l). Questo è un grosso vantaggio nello studio di campioni a bassa solubilità o di quelli che tendono ad aggregare in solventi particolari. In secondo luogo, la tecnica si adatta sia allo studio di piccoli frammenti che di molecole più grandi (DNA). Gli spettri delle strutture quadruplex presentano profili diversi in base alla differente conformazione sin o anti delle guanine coinvolte nella formazione della tetrade. Una banda positiva a 260-265 nm circa, accoppiata con una banda negativa a 240-245 nm è considerata tipica di un arrangiamento parallelo in cui tutti i legami N-glicosidici sono in conformazione anti [50]. Strutture a quadrupla elica che presentano una banda positiva CD a 295 nm circa, accoppiata ad una banda negativa intorno ai 260-265 nm ed una piccola banda positiva a circa 245nm, hanno generalmente una tipologia anti-parallela, caratterizzata da un'alternanza di orientazioni intorno al legame N-glicosidico del tipo sin-anti-sin-anti [51-52]. Entrambi i tipi di quadruplex presentano poi unaun caratteristico massimo positivo a 210 nm. Spettri CD che presentano entrambe le bande postive, 260 e 290 nm sono caratteristici di strutture quadruplex in cui le guanine hanno conformazione sin-sin-sin-anti o anti-anti-anti-sin e di conseguenza i filamenti hanno una orientazione mista del tipo 3+1 (3 filamenti paralleli ed uno antiparallelo) [53] . 2.2.a) Misure CD effettuate Le misure di dicroismo circolare sono state eseguite con uno spettrofotometro JASCO 715, calibrato con una soluzione acquosa di acido (d)-(+)-10-canforsolfonico a 290 nm. Sono state utilizzate celle in quarzo con una lunghezza di cammino ottico pari ad 1mm, l’intervallo di lunghezza d’onda esplorato è stato 220-340 nm. Gli spettri sono stati registrati con un’ampiezza di banda di 2.0 nm, ad una velocità di scansione di 5 nm/min; inoltre sono stati normalizzati sottraendo lo spettro relativo al solo
Estratto dalla tesi: Caratterizzazione e cristallizzazione di sequenze oligonucleotidiche ricche in guanina formanti quadruple eliche di DNA

Estratto dalla tesi:

Caratterizzazione e cristallizzazione di sequenze oligonucleotidiche ricche in guanina formanti quadruple eliche di DNA

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Informazioni tesi

  Autore: Elda Trimarco
  Tipo: Laurea liv.II (specialistica)
  Anno: 2009-10
  Università: Università degli Studi di Salerno
  Facoltà: Farmacia
  Corso: Farmacia e farmacia industriale
  Relatore: Carlo Andrea Mattia
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 80

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