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Prediction of signal recognition particle RNA genes

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- 12 - canonical pairs in homologous tRNAs. This suggests that they generally do not present characteristic fixed features of RNA structure, but rather behave as canonical pairings. However, this is not always the case, and in some instances, the wobble base pairing is highly conserved, and has e.g. been shown to be a specific feature in the identity of alanine-tRNA [8] Other non-canonical pairs. Non-canonical base pairing has mainly been demonstrated and studied in short DNA duplexes using X-ray diffraction [9], NMR [10] and thermodynamic studies [11]. However, also in RNA non-canonical pairs have been experimentally observed, e.g. the U- C pair has been detected in an X-ray diffraction study by Holbrook et al. [12]. Several comparative and experimental results indicate that G:A pairs are not rare in RNA structure. 2.5 Elements of the RNA secondary structure 2.5.1 Duplexes Duplex RNA consists of a right-handed double helix stabilized by hydrogen bonds between the bases on opposite complementary strands and by stacking between adjoining bases. X-ray diffraction studies of fibres and crystals [13] have shown that the helices are of the A-form. The A-form RNA helix has 11 bp per turn, as opposed to 10 bp per turn for the usual B- form DNA helix.
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Prediction of signal recognition particle RNA genes

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Informazioni tesi

  Autore: Marco Regalia
  Tipo: Tesi di Dottorato
Dottorato in Biologia Cellulare e Molecolare
Anno: 2002
Docente/Relatore: Graziano Pesole
Correlatore: ToreSamuelsson
Istituito da: Università degli Studi di Milano
Dipartimento: Biologia
  Lingua: Inglese
  Num. pagine: 88

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bioinformatics
dna
rna
rnomics
genomics
molecular biology
informatics
biology
human genome

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