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Analisi statistiche su banche dati di strutture di proteine

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7 purificazione proteica sempre più rapide ed efficienti (Sydor & Nock, 2003). Per quanto riguarda poi la cristallografia ai raggi X, tra le numerose innovazioni tecnologiche che hanno caratterizzato il settore vanno ricordate: la disponibilità di sorgenti di sincrotrone a lunghezza d’ onda regolabile (Walsh et al., 1999a), l’utilizzo di dispositivi per la raccolta dati basati su rivelatori CCD (Walsh et al., 1999b) e l’ uso della crioprotezione per limitare il decadimento dei cristalli indotto dalla radiazione X (Garman, 1999). Metodi innovativi per l’attribuzione delle fasi sono stati sviluppati ed estesamente utilizzati, come la tecnica MAD (diffrazione anomala a lunghezza d’onda multipla) (Gonzalez et al., 1999), o la tecnica della diffusione anomala singola (SAD) (Dauter, 1999). D’altra parte, lo sviluppo di algoritmi che minimizzano l’intervento di un operatore esterno, unitamente alla disponibilità di una maggiore potenza di calcolo, hanno ridotto il tempo necessario all’elaborazione dei dati ed, in ultima analisi, alla risoluzione di una struttura cristallografica. La possibilità di determinazioni strutturali in una modalità ‘high throughput’ è strettamente vincolata alla progressiva automazione degli stadi richiesti per la risoluzione di una struttura cristallografica. Tale possibilità ha acquisito grande importanza nel contesto dei progetti di genomica strutturale ((Burley et al., 1999; Montelione & Anderson, 1999); per maggiori dettagli si consulti il Par. 1.4). Per poter sfruttare adeguatamente l’informazione contenuta nelle banche dati di sequenza in continua espansione, è necessario accumulare informazioni strutturali ad una velocità maggiore di quella attuale. Soltanto alla luce delle relazioni intercorrenti tra sequenza, struttura tridimensionale e funzione si potrà utilizzare appieno la mole di informazioni sulle strutture primarie proveniente dal sequenziamento dei genomi. Man mano che il numero delle strutture tridimensionali è andato aumentando nel corso degli anni, si è resa necessaria l’implementazione di banche dati di strutture: strumenti in grado di archiviare, organizzare e distribuire l’informazione strutturale associata alle macromolecole biologiche. Il riferimento centrale del settore è costituito dall’archivio Protein Data Bank.

Anteprima della Tesi di Salvatore Loguercio

Anteprima della tesi: Analisi statistiche su banche dati di strutture di proteine, Pagina 2

Tesi di Laurea

Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali

Autore: Salvatore Loguercio Contatta »

Composta da 94 pagine.

 

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