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Analisi statistiche su banche dati di strutture di proteine

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10 Il PDB attualmente rende disponibili con cadenza settimanale i dati primari relativi alle nuove strutture depositate. Un gran numero di siti in tutto il mondo acquisisce tali dati attraverso Internet, elabora informazioni addizionali e costituisce un insieme di risorse secondarie. Il flusso dei dati strutturali è schematizzato in Figura 1. Le risorse secondarie comprendono innumerevoli servizi: in Tabella 1 sono riportati alcuni esempi suddivisi per categorie. Controllo della qualità stereochimica delle strutture: Risorsa Informazione reperibile Riferimenti PROCHECK Validazione delle strutture (Laskowski et al., 1993) PDBsum Sommario informazioni PDB (Laskowski, 2001)) Classificazione della struttura delle proteine: Risorsa Informazione reperibile Riferimenti Banca dati SCOP Classificazione strutturale (Murzin et al., 1995)) Banca dati CATH Classe, architettura, topologia, superfamiglie omologhe di proteine (Orengo et al., 1997)) Banca dati PQS Struttura quaternaria (Henrick & Thornton, 1998)) Strutture proteiche non ridondanti: Risorsa Informazione reperibile Riferimenti PDBselect Insiemi di strutture proteiche con identità di sequenza pari al 25% o al 90% (Hobohm & Sander, 1994)) ASTRAL Insiemi di strutture proteiche con identità di sequenza selezionabile (Brenner et al., 2000)) Metalloproteine e gruppi prostetici: Risorsa Informazione reperibile Riferimenti Banca dati MDB Classificazione strutturale e funzionale delle metalloproteine (Castagnetto et al., 2002)) Tabella 1 – Esempi di banche dati derivate e risorse per ottenere informazioni addizionali.

Anteprima della Tesi di Salvatore Loguercio

Anteprima della tesi: Analisi statistiche su banche dati di strutture di proteine, Pagina 5

Tesi di Laurea

Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali

Autore: Salvatore Loguercio Contatta »

Composta da 94 pagine.

 

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