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Studio dell'espressione di EEF1A e delle sue isoforme in linee cellulari tumorali umane

Estratto della Tesi di Luigi Cristiano

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- 15 - Con il termine “like” ci si riferisce a tutte quelle sequenze nucleotidiche simili a qualche sequenza nota, ma non ancora del tutto caratterizzate. Tuttavia per tali sequenze si riscontra la presenza di un trascritto primario. Con il termine “pseudogene” si indicano quelle sequenze nucleotidiche che possiedono alta somiglianza ed alta omologia con geni esistenti. Tuttavia, non si riscontra in genere alcun trascritto primario, in quanto tali sequenze possiedono dei difetti intrinseci e delle incongruità strutturali più o meno evidenti (come mutazioni, sequenze di splicing anomalo, mancanza di elementi del promotore). Sono sequenze nucleotidiche prive di introni e in genere sono prodotti di retrotrascrizione virale che non sono stati tradotti e che si sono integrati in zone non critiche del genoma, senza promotore e, quindi, non sono oncogenici. Possono anche essere considerati dei fossili molecolari, in quanto probabilmente funzionali in un tempo passato, ma attualmente non funzionali. Tuttavia, la loro scomparsa trascrizionale non ha portato carichi controselettivi. Acronimo Tipo DNA mRNA cDNA clone PROTEINE EEF1A1 Gene J04617 AL603910 NM_001402 BC057391 AAH72385 EEF1A2 Gene AF163763 NM_001958BC000432 NP_001949 EEF1A1P1 Pseudogene (cromosoma 7) NG_002353.1 / / / EEF1A1P1 Pseudogene (cromosoma 9) NG_002350.1 / / / EEF1A1P2 Pseudogene NG_002494 / / / Tabella1.2. 2. Tabella riportante gli pseudogeni di eEF1A1 noti in letteratura, con i numeri di accesso per il ritrovamento della sequenza di DNA, mRNA, cDNA e proteica. Molto interessante è dimostrare l’identità di sequenza degli pseudogeni e delle isoforme con EEF1A1, rilevando gli allineamenti della sequenza nucleotidica e/o proteica se disponibile. Per molti degli pseudogeni o isoforme di EEF1A1 non è stato possibile ritrovare nelle banche dati virtuali la sequenza, in quanto non ancora caratterizzata. L’omologia di sequenza tra il DNA genomico di EEF1A1P1 (cromosoma 7 e 9), EEF1A1P2 e EEF1AL11 con EEF1A1 si riscontra solo in certe porzioni ristrette, ma con un’omologia di circa il 78%. 1.2.1 IDENTITÀ TRA EEF1A1 E EEF1A2 Interessante è, invece, l’identità tra EEF1A2 e EEF1A1, sia per quanto riguarda l’identità tra gli mRNA, che tra le proteine (da Pubmed; BLAST).
Estratto dalla tesi: Studio dell'espressione di EEF1A e delle sue isoforme in linee cellulari tumorali umane

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Studio dell'espressione di EEF1A e delle sue isoforme in linee cellulari tumorali umane

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Informazioni tesi

  Autore: Luigi Cristiano
  Tipo: Laurea liv.I
  Anno: 2004-05
  Università: Università degli Studi di Trieste
  Facoltà: Medicina e Chirurgia
  Corso: Biotecnologie
  Relatore: Bruna Scaggiante
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 129

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