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Studying the epidemiology of Xylella fastidiosa ssp. in different host plants through molecular tools (real time PCR, LAMP)

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feedback with the necessary nutrients and water transport throughout the en-
tire plant tissues often resulting in a progressive chlorotic symptom (Hossein 
Gouran et al., 2016). Nowadays there have been isolated, identified and se-
quenced many strains of X. fastidiosa belonging to different taxonomic subspe-
cies (X. fastidiosa fastidiosa, X. fastidiosa multiplex, X. fastidiosa pauca, X. fas-
tidiosa sandyi, X. fastidiosa morus) thanks to the upgrading and cheaper Next 
Generation Sequencing (Illumina, PacBio Science) and RNA seq tools. X. fastidi-
osa is causing the crop and economical loss in the country where it can spread 
on over 300 different species in 63 different families. X. fastidiosa multiplex is 
the agent of almond leaf scorch ALS (Dixon and M12 strain, USA). X. fastidiosa 
fastidiosa caused PD (TemecuLa1 strain, USA). X. fastidiosa sandyi is associated 
with oleander leaf scorch OLS (Ann1 strain, USA). The citrus variegated chloro-
sis CVC is caused by X. fastidiosa pauca (9a5c strain, USA); X. fastidiosa pauca 
(CoDIRO, Italy) is the main agent of the more recent Olive quick decline syn-
drome OQDS. 
 Single nucleotide variants-polymorphisms (SNV-SNP) were detected in Rpf 
cluster and in polygalacturonase-PglA virulence factors gene sequences; muta-
tions at these loci regulated X. fastidiosa host plant specificity, virulence and 
infectivity. X. fastidiosa pauca CoDIRO showed highest genetic similarity with X. 
fastidiosa pauca isolates from Central America but negligible values of similari-
ty with X. fastidiosa-infected Californian olive cvs (Giampetruzzi et al. 2015). 
Further genomic evidences described X. fastidiosa fastidiosa Temecula1 (PD) as 
the ancestral genome of the bacterium species. Xanthomonas campestris re-
vealed the most similar exopolysaccharide composition with that was produced 
by each X. fastidiosa strain showing also similar biofilm production pathway. 
Similarity and disparity were found in terms of gene content and numbers; 
unique accounting genes have been discovered in each X. fastidiosa strain: 60 
in 9a5c, 83 in Ann-1, 54 in Dixon, and 9 in TemecuLa-1.  
However, many plants can harbor plant pathogens without symptom develop-
ment (asymptomatic). Nowadays, there are more discovered susceptible plants 
to the bacterium, reason for which there should be more rapid and specific de-
tection and diagnostic molecular tool protocols. Generally reported disease 
symptoms are marginal necrosis surrounded by chlorotic halo and wilting on 
grapevine leaf with uneven ripening of grapevine shoots and the green island 
on grapevine twig, typical spots caused on sweet orange leaves, twig dieback, 
typical phony peach symptom on peach leaves, “Crespera” symptoms including
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Informazioni tesi

  Autore: Matteo Marangi
  Tipo: Laurea II ciclo (magistrale o specialistica)
  Anno: 2018-19
  Università: Università degli Studi di Torino
  Facoltà: Agraria
  Corso: Biotecnologie agrarie
  Relatore: Davide Spadaro
  Lingua: Inglese
  Num. pagine: 72

FAQ

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Parole chiave

real time-pcr
diagnosis
dna-extraction
epidemiology
xylella fastidiosa
plant health

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