Interazioni geniche tra virus

L'interazione genica tra i virus si osserva spesso in natura, poiché un ospite può essere frequentemente infettato da più di un virus (superinfezione). Una prima interazione genica è stata trattata nel capitolo delle tecniche per saggiare i virus, ossia la complementazione, ma esiste un'altra interazione che è la ricombinazione. Questa è l'interazione fisica dei genomi virali durante una superinfezione. Esistono tre meccanismi attraverso i quali può avvenire ricombinazione, che dipendono dall'organizzazione del genoma virale:
1) ricombinazione intramolecolare per rottura del filamento e rilegazione: questo processo si verifica in tutti i virus a DNA e in quelli a RNA che replicano attraverso un intermedio a DNA. Si crede sia mediato da enzimi cellulari, poiché non sono stati mai isolati mutanti virali con difetti specifici nella capacità di ricombinare;
2) ricombinazione intramolecolare per scelta della copia: questo processo si verifica nei virus a RNA probabilmente attraverso un meccanismo nel quale la polimerasi virale cambia il filamento stampo durante la sintesi dei genomi;
3) riassortimento: nei virus con genoma segmentato, i segmenti genomici possono essere distribuiti in maniera casuale durante un processo di superinfezione. Le particelle virali della progenie ricevono almeno una copia di ognuno dei segmenti genomici, ma probabilmente non dallo stesso virus. Per esempio, il virus dell'influenza ha 8 segmenti, quindi da un infezione mista potrebbero emergere 28=259 possibili particelle virali diverse.