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Teoria e ricerca di patterns in biosequenze

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<br/><b>Introduzione </b> <br/> <br/><b>Capitolo 1 </b> <br/> Algoritmi di string matching <br/> Algoritmo di Rabin-Karp <br/> Algoritmo di Knuth-Moris-Pratt <br/> Algoritmo di Boyer-Moore <br/> <br/><b>Capitolo 2 </b> <br/> Problema del pattern matching <br/> Definizione dei problemi <br/> Estrazione di patterns per una sola stringa <br/> Estrazione di patterns per pi&ugrave; stringhe <br/> Algoritmi di ricerca <br/> Algoritmo di Karp, Miller, Rosenberg <br/> Dalla relazione di identit&agrave; alla relazione non transitiva senza errori <br/> Dalla relazione non transitiva senza errori a quella con errori <br/> Algoritmi con alberi suffissi <br/> Algoritmo con alberi suffissi per una sola stringa <br/> Algoritmo con alberi suffissi per N stringhe <br/> <br/><b>Capitolo 3 </b> <br/> </b>Introduzione <br/> Notazione PROSITE e definizione del problema <br/> Generalizzazione di patterns <br/> Teoria della funzione punteggio <br/> Compattezza del pattern <br/> Diversit&agrave; della sequenza <br/> Calcolo di d1(S) con il dendogramma <br/> Calcolo di d2(S) con lo spanning tree <br/> Distanze metriche e differenze tra d1 e d2 <br/> Funzione punteggio <br/> Grafo pattern <br/> Struttura della ricerca <br/> Costruzione del grafo pattern da una sequenza <br/> Costruzione del grafo pattern da un allineamento multiplo <br/> Ricerca con visita in ampiezza <br/> Algoritmo di raffinamento <br/> Complessit&agrave; <br/> <br/><b>Bibliografia </b> <br/>
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Teoria e ricerca di patterns in biosequenze

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Informazioni tesi

  Autore: Desir Franchin
  Tipo: Tesi di Laurea
  Anno: 2003-04
  Università: Università degli Studi di Roma La Sapienza
  Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
  Corso: Matematica
  Relatore: Maria Aurora Morgana
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 92

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Parole chiave

alberi suffissi
algoritmo di ricerca
bioinformatica
funzione punteggio
grafo
karp,miller,rosenberg
pattern
prosite
relazione non transitiva
stringhe biologiche

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