Skip to content

Messa a punto di metodi di conservazione del suolo rizosferico per l’analisi del metagenoma

Informazioni tesi

  Autore: Marco Giovane
  Tipo: Tesi di Laurea
  Anno: 2004-05
  Università: Università degli Studi di Bologna
  Facoltà: Scienze Biotecnologiche
  Corso: Biotecnologie Agro-Industriali
  Relatore: Marco Bosco
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 160

Le problematiche affrontate riguardano:

La metagenomica: I genomi di gran parte dei microrganismi esistenti perché la maggior parte dei phila batteri è costituita da rappresentanti non coltivabili (gli archea non sono coltivabili). In questo lavoro l’ habitat preso in considerazione è il suolo rizosferico Un protocollo di estrazione di acidi nucleici da una matrice ambientale è suddivisibile in 3 fasi: Lisi (vari metodi fisici, chimici, enzimatici in presenza di un tampone. Estrazione per rimuovere i residui (proteine, polisaccaridi, sali in eccesso) del lisato cellulare e isolare e concentrare il DNA ed una fase di purificazione (clic) per rimuovere componenti coestratti come acidi umici che potrebbero contaminare ed inibire le analisi molecolari come in questo contesto la PCR (clic). Analizzare il metagenoma richiede la realizzazione di procedure shot-gun in grado di processare una grande quantità di campioni. Non potendo effettuare tali analisi simultaneamente. Da qui la necessità di poter disporre di campioni che siano rappresentativi delle comunità microbiche, non degradati e che diano risultati affidabili, anche se vengono sottoposti alle procedure sopra indicati in periodi diversi, visto l’impossibilità di effettuare analisi simultanee da un’enorme quantità di campioni. Nella parte sperimentale di questa tesi si è cercato di curare proprio l’aspetto della conservazione, cercando di evincere, tra le metodologie attualmente applicate, quale fosse quella in grado di ottenere campioni ben conservati. (Clic). Un campionamento rappresentativo di suoli dipende in maniera rilevante da come viene effettuato. Il suolo analizzato in questo lavoro proviene dai terreni dell’azienda sperimentale di agraria sita in Cadriano. Le parcelle sperimentali di questo suolo presentano una tessitura di tipo medio. Il modello rizosferico preso in considerazione è quello del mais (Zea mais L.) il cui apparato radicale (clic) è costituito da una radice primaria atrofizzata e da radici culinarie secondarie che si dipartono dal fusto. Si sono scelti alcuni metodi di conservazione tra quelli tradizionalmente più usati è si è testata la loro efficacia, estraendo il DNA con un semplice protocollo (click) comprendente solo lisi (3 cicli di shock termico) ed estrazione (fenolo/cloroformio, con successivi lavaggi in isopropanolo ed etanolo) dai campioni conservati in modi diversi, e valutando la qualità dei prodotti ottenuti del DNA totale e dei frammenti amplificati, tramite visualizzazione agli UV (click) delle rispettive corse elettroforetiche su gel. I semi sono stati impiantati in vasi contenenti il suolo già descritto, è fatti crescere all’interno di una cella fitoclimatica. A circa 1 mese di distanza dalla semina le radici sono prelevate (circa 6 radici alla volta), vengono scrollate per rimuovere i grossi aggregati e lasciando rimanere solo il suolo aderente ad esse, sminuzzate e mescolate tra loro (Shuffling) avere un campione omogeneo e rappresentativo, è quindi indirizzate ai vari tipi di conservazione (click). Durante le prove di conservazione i campioni tenuti in tampone e in glicerolo non hanno dato buone risposte, limitando il nostro raggio d’azione alla liofilizzazione e alla disidratazione in etanolo. Ogni risultato viene confrontato con una prova 0, costituita dai risultati delle corse elettroforetiche dei DNA estratti, immediatamente dal campione. Da tali risultati emerge come la liofilizzazione sia un metodo molto efficace, capace inoltre di facilitare il processo di lisi cellulare e il rilascio del DNA. Per questo si è cercato di vedere in dettaglio quale fosse il tempo di liofilizzazione da utilizzare per poter abbreviare la fase di conservazione (click). Confrontando i vari tempi di liofilizzazione applicati, si può arrivare ad un periodo minimo di 15 h. Il vantaggio che offre invece l’uso di etanolo è rappresentato dall’immediatezza del tipo di conservazione e dalla sua applicabilità direttamente in situ. La qualità del DNA estratto inoltre, dopo circa 2 mesi dalla loro conservazione sembra oltremodo favorire la conservazione in alcol rispetto alla liofilizzazione. Il lavoro di messa a punto della fase di conservazione dei campioni di suolo rizosferico, destinati ad analisi molecolari del metagenoma, ci porta a concludere che, in caso sia necessario lavorare in situ o in ambienti privi di energia elettrica, l’uso di etanolo sostituisce egregiamente l’azione conservante del processo di liofilizzazione. Infatti, il protocollo basato sull’etanolo è stato subito applicato ad un grande progetto di campo, che prevede l’analisi del metagenoma in campioni di suolo rizosferico. Grazie all’impiego del metodo di conservazione in etanolo, 600 campioni sono stati processati in solo 0,25 mesi/uomo, mentre la liofilizzazione avrebbe comportato un lavoro pari a 3 mesi /uomo.





CONSULTA INTEGRALMENTE QUESTA TESI

La consultazione è esclusivamente in formato digitale .PDF

Acquista
Mostra/Nascondi contenuto.
PARTE I 1. INTRODUZIONE Sin dalla sua fondazione, attraverso i lavori Winogradsky (1890) e di Beijerinck (1901), gli studi di microbiologia del suolo hanno fornito mezzi per una migliore comprensione della struttura delle comunità microbiche, dell’evoluzione di queste comunità in varie condizioni climatiche (e come queste comunità possano mutare col tempo in risposta al loro ambiente), biotiche, xenobiotiche, dei meccanismi che regolano e controllano la distribuzione delle comunità, delle attività fisiologiche dei microrganismi e delle interazioni che essi hanno tra loro e con altri organismi animali e vegetali. La ricerca microbiologica del suolo negli ultimi 30 anni si è largamente concentrata sulla comprensione delle dinamiche delle comunità microbiche (Tiedje et al., 1999). Tradizionalmente, l’analisi delle comunità microbiche del suolo sono state condotte utilizzando il metodo di conta totale su piastra di cellule vive (Stach et al., 2001). Dopo i lavori di Woese (1977) e Mullis (1987), si è visto che i microrganismi non coltivabili sono la maggioranza, per cui si è sviluppata l’ecologia microbica molecolare) e la metagenomica (Pace et al., 1986). La parte bibliografica di questa tesi, oltre a trattare le conoscenze riguardo i metodi di conservazione, dei campioni di suolo ha dato ampio respiro ad una panoramica generale dei metodi di estrazione del DNA dai campioni di suolo e delle applicazioni molecolari successive, in particolare della PCR (polimerase chain reaction). In questa prima parte verranno anche presentate le attuali conoscenze sui microrganismi provenienti da campioni ambientali, l’importanza di questi negli studi sul suolo e le prospettive legate all’estrazione del metagenoma dal suolo rizosferico. 1.1 Importanza delle comunità microbiche nell’ecologia microbica del suolo rizosferico La diversità (sia qualitativa che quantitativa) dei microrganismi (archea, batteri, funghi, protozoi e alghe) in un ambiente gioca un ruolo chiave nei processi biogeochimici e nel ciclo dei composti organici e la composizione e/o l’attività di questi microrganismi può indicare come un ecosistema può essere influenzato, 2

CONSULTA INTEGRALMENTE QUESTA TESI

La consultazione è esclusivamente in formato digitale .PDF

Acquista

FAQ

Per consultare la tesi è necessario essere registrati e acquistare la consultazione integrale del file, al costo di 29,89€.
Il pagamento può essere effettuato tramite carta di credito/carta prepagata, PayPal, bonifico bancario, bollettino postale.
Confermato il pagamento si potrà consultare i file esclusivamente in formato .PDF accedendo alla propria Home Personale. Si potrà quindi procedere a salvare o stampare il file.
Maggiori informazioni
Ingiustamente snobbata durante le ricerche bibliografiche, una tesi di laurea si rivela decisamente utile:
  • perché affronta un singolo argomento in modo sintetico e specifico come altri testi non fanno;
  • perché è un lavoro originale che si basa su una ricerca bibliografica accurata;
  • perché, a differenza di altri materiali che puoi reperire online, una tesi di laurea è stata verificata da un docente universitario e dalla commissione in sede d'esame. La nostra redazione inoltre controlla prima della pubblicazione la completezza dei materiali e, dal 2009, anche l'originalità della tesi attraverso il software antiplagio Compilatio.net.
  • L'utilizzo della consultazione integrale della tesi da parte dell'Utente che ne acquista il diritto è da considerarsi esclusivamente privato.
  • Nel caso in cui l'Utente volesse pubblicare o citare una tesi presente nel database del sito www.tesionline.it deve ottenere autorizzazione scritta dall'Autore della tesi stessa, il quale è unico detentore dei diritti.
  • L'Utente è l'unico ed esclusivo responsabile del materiale di cui acquista il diritto alla consultazione. Si impegna a non divulgare a mezzo stampa, editoria in genere, televisione, radio, Internet e/o qualsiasi altro mezzo divulgativo esistente o che venisse inventato, il contenuto della tesi che consulta o stralci della medesima. Verrà perseguito legalmente nel caso di riproduzione totale e/o parziale su qualsiasi mezzo e/o su qualsiasi supporto, nel caso di divulgazione nonché nel caso di ricavo economico derivante dallo sfruttamento del diritto acquisito.
  • L'Utente è a conoscenza che l'importo da lui pagato per la consultazione integrale della tesi prescelta è ripartito, a partire dalla seconda consultazione assoluta nell'anno in corso, al 50% tra l'Autore/i della tesi e Tesionline Srl, la società titolare del sito www.tesionline.it.
L'obiettivo di Tesionline è quello di rendere accessibile a una platea il più possibile vasta il patrimonio di cultura e conoscenza contenuto nelle tesi.
Per raggiungerlo, è fondamentale superare la barriera rappresentata dalla lingua. Ecco perché cerchiamo persone disponibili ad effettuare la traduzione delle tesi pubblicate nel nostro sito.
Scopri come funziona

DUBBI? Contattaci

Contatta la redazione a
[email protected]

Ci trovi su Skype (redazione_tesi)
dalle 9:00 alle 13:00

Oppure vieni a trovarci su

Parole chiave

genoma
metagenoma
rizosferici

Non hai trovato quello che cercavi?


Abbiamo più di 45.000 Tesi di Laurea: cerca nel nostro database

Oppure consulta la sezione dedicata ad appunti universitari selezionati e pubblicati dalla nostra redazione

Ottimizza la tua ricerca:

  • individua con precisione le parole chiave specifiche della tua ricerca
  • elimina i termini non significativi (aggettivi, articoli, avverbi...)
  • se non hai risultati amplia la ricerca con termini via via più generici (ad esempio da "anziano oncologico" a "paziente oncologico")
  • utilizza la ricerca avanzata
  • utilizza gli operatori booleani (and, or, "")

Idee per la tesi?

Scopri le migliori tesi scelte da noi sugli argomenti recenti


Come si scrive una tesi di laurea?


A quale cattedra chiedere la tesi? Quale sarà il docente più disponibile? Quale l'argomento più interessante per me? ...e quale quello più interessante per il mondo del lavoro?

Scarica gratuitamente la nostra guida "Come si scrive una tesi di laurea" e iscriviti alla newsletter per ricevere consigli e materiale utile.


La tesi l'ho già scritta,
ora cosa ne faccio?


La tua tesi ti ha aiutato ad ottenere quel sudato titolo di studio, ma può darti molto di più: ti differenzia dai tuoi colleghi universitari, mostra i tuoi interessi ed è un lavoro di ricerca unico, che può essere utile anche ad altri.

Il nostro consiglio è di non sprecare tutto questo lavoro:

È ora di pubblicare la tesi