Skip to content

A comparison of meta-analysis methods for detecting differentially expressed genes in microarray experiments: An application to malignant pleural mesothelioma data.

Informazioni tesi

  Autore: Manuela Di Russo
  Tipo: Tesi di Dottorato
Dottorato in Esplorazione molecolare, metabolica e funzionale del sistema nervoso e degli organi di senso
Anno: 2013
Docente/Relatore: Pellegrini Silvia
Istituito da: Università degli Studi di Pisa
Dipartimento: Patologia Chirurgica, Medica, Molecolare
  Lingua: Inglese
  Num. pagine: 103

The proliferation of microarray experiments and the increasing availability of relevant amount of data in public repositories have created a need for meta-analysis methods to efficiently integrate and validate microarray results from independent but related studies.
Despite its increasing popularity, meta-analysis of microarray data is not without problems. In fact, although it shares many features with traditional meta-analysis, most classical meta-analysis methods cannot be directly applied to microarray experiments because of their unique issues.
Several meta-analysis techniques have been proposed in the context of microarrays. However, only recently a comprehensive framework to carry out microarray data meta-analysis has been proposed. Moreover very few software packages for microarray meta-analysis implementation exist and most of them either have unclear manuals or are not easy to apply.
We applied four meta-analysis methods, the Stouffer’s method, the moderated effect size combination approach, the t-based hierarchical modeling and the rank product method, to a set of three microarray studies on malignant pleural mesothelioma. We focused on differential expression analysis between normal and malignant mesothelioma pleural tissues. Both unfiltered and filtered data were analyzed. The lists of differentially expressed genes provided by each method for either kind of data were compared, also by pathway analysis. These comparisons highlighted a poor overlap between the lists of differentially expressed genes and the related pathways obtained using the unfiltered data. Conversely, a higher concordance of the results, both at the gene and the pathway level, was observed when filtered data were considered. The fact that a significant number of genes were identified by only one of the tested methods shows that the gene ranking is based on different perspectives. In fact, the analyzed methods are based on different assumptions and focus on diverse aspects in selecting significant genes. Since so far there is no consensus on what is (are) the ‘best’ meta-analysis method(s), it may be useful to select candidate genes for further analysis using a combination of different meta-analysis methods. In particular, differentially expressed genes detected by more than one method may be considered as the most reliable ones while genes identified by only a single method may be further explored to expand the knowledge of the biological phenomenon of interest.

CONSULTA INTEGRALMENTE QUESTA TESI

La consultazione è esclusivamente in formato digitale .PDF

Acquista
Mostra/Nascondi contenuto.
3 1 INTRODUCTION Microarray technology simultaneously measures the mRNA of tens of thousands of genes in biological samples in a high-throughput and cost- effective manner. Since its introduction in 1995 [1], microarray technology has improved dramatically and became a widely used tool to study the whole transcriptome of many organisms. It has been adopted to explore the molecular basis of fundamental biological processes and complex diseases [2, 3], to improve the disease taxonomy [4, 5], to classify patients into known disease subclasses [6], to analyze the response to drug administration [7], and to predict disease outcomes [8, 9]. Enhancements in microarray technology and its widespread use have led to the generation of a relevant amount of data and resulted in several large public data repositories such as Gene Expression Omnibus (GEO) [10] (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) from NCBI, ArrayExpress [11] (http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/) from EBI and CIBEX (Center for Information Biology gene EXpression database) [12] (http://cibex.nig.ac.jp/). It is not uncommon to find multiple microarray gene expression studies performed by different research groups worldwide addressing the

CONSULTA INTEGRALMENTE QUESTA TESI

La consultazione è esclusivamente in formato digitale .PDF

Acquista

FAQ

Per consultare la tesi è necessario essere registrati e acquistare la consultazione integrale del file, al costo di 29,89€.
Il pagamento può essere effettuato tramite carta di credito/carta prepagata, PayPal, bonifico bancario, bollettino postale.
Confermato il pagamento si potrà consultare i file esclusivamente in formato .PDF accedendo alla propria Home Personale. Si potrà quindi procedere a salvare o stampare il file.
Maggiori informazioni
Ingiustamente snobbata durante le ricerche bibliografiche, una tesi di laurea si rivela decisamente utile:
  • perché affronta un singolo argomento in modo sintetico e specifico come altri testi non fanno;
  • perché è un lavoro originale che si basa su una ricerca bibliografica accurata;
  • perché, a differenza di altri materiali che puoi reperire online, una tesi di laurea è stata verificata da un docente universitario e dalla commissione in sede d'esame. La nostra redazione inoltre controlla prima della pubblicazione la completezza dei materiali e, dal 2009, anche l'originalità della tesi attraverso il software antiplagio Compilatio.net.
  • L'utilizzo della consultazione integrale della tesi da parte dell'Utente che ne acquista il diritto è da considerarsi esclusivamente privato.
  • Nel caso in cui l'Utente volesse pubblicare o citare una tesi presente nel database del sito www.tesionline.it deve ottenere autorizzazione scritta dall'Autore della tesi stessa, il quale è unico detentore dei diritti.
  • L'Utente è l'unico ed esclusivo responsabile del materiale di cui acquista il diritto alla consultazione. Si impegna a non divulgare a mezzo stampa, editoria in genere, televisione, radio, Internet e/o qualsiasi altro mezzo divulgativo esistente o che venisse inventato, il contenuto della tesi che consulta o stralci della medesima. Verrà perseguito legalmente nel caso di riproduzione totale e/o parziale su qualsiasi mezzo e/o su qualsiasi supporto, nel caso di divulgazione nonché nel caso di ricavo economico derivante dallo sfruttamento del diritto acquisito.
  • L'Utente è a conoscenza che l'importo da lui pagato per la consultazione integrale della tesi prescelta è ripartito, a partire dalla seconda consultazione assoluta nell'anno in corso, al 50% tra l'Autore/i della tesi e Tesionline Srl, la società titolare del sito www.tesionline.it.
L'obiettivo di Tesionline è quello di rendere accessibile a una platea il più possibile vasta il patrimonio di cultura e conoscenza contenuto nelle tesi.
Per raggiungerlo, è fondamentale superare la barriera rappresentata dalla lingua. Ecco perché cerchiamo persone disponibili ad effettuare la traduzione delle tesi pubblicate nel nostro sito.
Scopri come funziona

DUBBI? Contattaci

Contatta la redazione a
[email protected]

Ci trovi su Skype (redazione_tesi)
dalle 9:00 alle 13:00

Oppure vieni a trovarci su

Parole chiave

microarray
espressione genica
meta analisi
mesotelioma maligno della pleura

Non hai trovato quello che cercavi?


Abbiamo più di 45.000 Tesi di Laurea: cerca nel nostro database

Oppure consulta la sezione dedicata ad appunti universitari selezionati e pubblicati dalla nostra redazione

Ottimizza la tua ricerca:

  • individua con precisione le parole chiave specifiche della tua ricerca
  • elimina i termini non significativi (aggettivi, articoli, avverbi...)
  • se non hai risultati amplia la ricerca con termini via via più generici (ad esempio da "anziano oncologico" a "paziente oncologico")
  • utilizza la ricerca avanzata
  • utilizza gli operatori booleani (and, or, "")

Idee per la tesi?

Scopri le migliori tesi scelte da noi sugli argomenti recenti


Come si scrive una tesi di laurea?


A quale cattedra chiedere la tesi? Quale sarà il docente più disponibile? Quale l'argomento più interessante per me? ...e quale quello più interessante per il mondo del lavoro?

Scarica gratuitamente la nostra guida "Come si scrive una tesi di laurea" e iscriviti alla newsletter per ricevere consigli e materiale utile.


La tesi l'ho già scritta,
ora cosa ne faccio?


La tua tesi ti ha aiutato ad ottenere quel sudato titolo di studio, ma può darti molto di più: ti differenzia dai tuoi colleghi universitari, mostra i tuoi interessi ed è un lavoro di ricerca unico, che può essere utile anche ad altri.

Il nostro consiglio è di non sprecare tutto questo lavoro:

È ora di pubblicare la tesi