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Caratterizzazione e cristallizzazione di sequenze oligonucleotidiche ricche in guanina formanti quadruple eliche di DNA

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4 Nelle strutture a doppia elica le conformazioni più comunemente osservate sono la C2’-endo e la C3’-endo (Figura 1.1d) [5-13] . I gruppi fosfato nelle strutture di acidi nucleici sono sempre molto esposti e per questo sono molto sensibili all’effetto del solvente. Le cariche negative dei gruppi fosfato sono controbilanciate dalle molecole di acqua e da ioni metallici che stabilizzano le conformazioni di solchi e ‘loop’. Concentrazioni saline e livelli di idratazione hanno un’elevata influenza sulla struttura degli acidi nucleici, come chiaramente dimostra la dipendenza dalla concentrazione di sale della transizione del DNA dalla struttura B a quella A. Le fibre di DNA assumono la cosiddetta conformazione B, come è indicato dai risultati della analisi della diffrazione dei raggi X, quando il controione è un metallo alcalino come il sodio e la umidità relativa è del 92% [14]. La struttura del DNA-B (Figura 1.2) secondo il modello di Watson e Crick ha le seguenti caratteristiche principali: 1. Consiste di due filamenti polinucleotidici che si avvolgono intorno ad un asse comune con un andamento destrorso formando una doppia elica di circa 20 Å di diametro. I due filamenti sono antiparalleli. Le basi occupano la parte centrale della elica mentre le sue catene di zucchero fosfato sono disposte sulla parte esterna dell’elica, riducendo quindi al minimo le repulsioni tra i gruppi fosfato carichi negativamente. 2. I piani delle basi sono praticamente perpendicolari all’asse della elica. Ciascuna base è legata con legami idrogeno a una base sul filamento opposto formando una coppia di basi planare. Per mezzo di queste interazioni di tipo legami a idrogeno le basi si appaiano in modo complementare. 3. L’elica “ideale” di DNA-B ha dieci coppie di basi per giro e, poiché le basi aromatiche hanno una distanza di van der Waals di 3.4 Å e sono parzialmente incolonnate l’una sull’altra, la elica ha un passo di 34 Å. La caratteristica più evidente della struttura secondo Watson e Crick è
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Informazioni tesi

  Autore: Elda Trimarco
  Tipo: Laurea liv.II (specialistica)
  Anno: 2009-10
  Università: Università degli Studi di Salerno
  Facoltà: Farmacia
  Corso: Farmacia e farmacia industriale
  Relatore: Carlo Andrea Mattia
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 80

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