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Analisi proteomica del tessuto renale di gatti abissini affetti da amiloidosi

Informazioni tesi

  Autore: Luca Diamante
  Tipo: Laurea liv.I
  Anno: 2018-19
  Università: Università degli Studi di Milano
  Facoltà: Scienze Biotecnologiche
  Corso: Biotecnologie veterinarie
  Relatore: Gabriella Tedeschi
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 33

Questa tesi ha come scopo quello di caratterizzare dal punto di vista proteico i depositi amiloidi presenti nel tessuto renale di gatti abissini in modo tale da poter determinare quale proteina è presente maggiormente in questi depositi e caratterizzare il tipo di amiloidosi. Tramite un approccio definito “Shotgun proteomics” si è analizzato il proteoma di tre gatti abissini affetti da questa patologia e lo si è confrontato con quello di altri tre animali sani, utilizzati come controllo. Partendo da campioni FFPE, si è ottenuto un estratto proteico il cui contenuto è stato dosato tramite saggio di Bradford. Successivamente le macromolecole ottenute sono state preparate per l’analisi allo spettrometro di massa. In particolare le proteine hanno subito un processo di denaturazione, riduzione, alchilazione delle cisteine e digestione triptica. Dopo aver desalinizzato e concentrato i peptidi tramite uso di ZipTip C18, si è passati all’analisi spettrometrica vera e propria (LC-MS/MS) condotta grazie all’uso dello strumento LTQ-Orbitrap Velos. I dati ottenuti sono stati elaborati mediante i software MaxQuant e Perseus. L’ultima fase dello studio prevedeva un’analisi funzionale mediante i software DAVID e Panther che permettono di classificare le proteine differenzialmente espresse nelle due classi di campioni, sani e malati, in base alle loro funzioni molecolari e ai processi biologici in cui sono coinvolte in modo da valutare quali pathways biochimici e quali attività cellulari vengono alterate dal processo di amiloidosi.
Nei campioni renali affetti da amiloidosi sono state individuate 215 proteine esclusivamente o maggiormente espresse. Mentre nella seconda classe di campioni, usata come controllo, si è notata un’espressione esclusiva o significativamente maggiore di altre 56 proteine. Questa diversa espressione proteica tra tessuto sano e malato potrebbe essere interpretata come tentativo da parte delle cellule renali di controbilanciare gli effetti multipli della malattia. Nonostante ciò, non è ancora noto il meccanismo molecolare alla base dello sviluppo dell’amiloidosi.
Tale ricerca è stata condotta nell’ambito di uno studio più ampio in cui i dati di proteomica qui presentati sono stati integrati con i dati di genomica e miRNAomica in modo da avere un quadro più chiaro dello sviluppo e delle conseguenze determinate dalla patologia.

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  Tipo: Laurea liv.I
  Anno: 2018-19
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  Corso: Biotecnologie veterinarie
  Relatore: Gabriella Tedeschi
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 33

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2 Riassunto Questa tesi ha come scopo quello di caratterizzare dal punto di vista proteico i depositi amiloidi presenti nel tessuto renale di gatti abissini in modo tale da poter determinare quale proteina è presente maggiormente in questi depositi e caratterizzare il tipo di amiloidosi. Tramite un approccio definito “Shotgun proteomics” si è analizzato il proteoma di tre gatti abissini affetti da questa patologia e lo si è confrontato con quello di altri tre animali sani, utilizzati come controllo. Partendo da campioni FFPE, si è ottenuto un estratto proteico il cui contenuto è stato dosato tramite saggio di Bradford. Successivamente le macromolecole ottenute sono state preparate per l’analisi allo spettrometro di massa. In particolare le proteine hanno subito un processo di denaturazione, riduzione, alchilazione delle cisteine e digestione triptica. Dopo aver desalinizzato e concentrato i peptidi tramite uso di ZipTip C18, si è passati all’analisi spettrometrica vera e propria (LC-MS/MS) condotta grazie all’uso dello strumento LTQ-Orbitrap Velos. I dati ottenuti sono stati elaborati mediante i software MaxQuant e Perseus. L’ultima fase dello studio prevedeva un’analisi funzionale mediante i software DAVID e Panther che permettono di classificare le proteine differenzialmente espresse nelle due classi di campioni, sani e malati, in base alle loro funzioni molecolari e ai processi biologici in cui sono coinvolte in modo da valutare quali pathways biochimici e quali attività cellulari vengono alterate dal processo di amiloidosi. Nei campioni renali affetti da amiloidosi sono state individuate 215 proteine esclusivamente o maggiormente espresse. Mentre nella seconda classe di campioni, usata come controllo, si è notata un’espressione esclusiva o significativamente maggiore di altre 56 proteine. Questa diversa espressione proteica tra tessuto sano e malato potrebbe essere interpretata come tentativo da parte delle cellule renali di controbilanciare gli effetti multipli della malattia. Nonostante ciò, non è ancora noto il meccanismo molecolare alla base dello sviluppo dell’amiloidosi. Tale ricerca è stata condotta nell’ambito di uno studio più ampio in cui i dati di proteomica qui presentati sono stati integrati con i dati di genomica e miRNAomica in modo da avere un quadro più chiaro dello sviluppo e delle conseguenze determinate dalla patologia.

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Parole chiave

spettrometria di massa
bioinformatica
analisi funzionale
proteomica
amiloidosi
espressione proteica
materiali e metodi
proteomics shotgun
gatti abissini

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