La tassonomia classica e la chemiotassonomia

La tassonomia è la disciplina che si occupa della classificazione degli organismi e si articola in due suddivisioni, l'identificazione e la nomenclatura. La tassonomia batterica si basa su analisi fenotipiche che considerano a che cosa un organismo è simile, il suo metabolismo energetico, i suoi enzimi e altre proprietà. Queste caratteristiche e questi dati vengono poi usati per raggruppare i microrganismi nella scala tassonomica dalla specie al dominio. Ad esempio il contenuto in GC del DNA genomico di un organismo è una proprietà che fornisce informazioni per raggiungere conclusioni tassonomiche. Nei procarioti il contenuto in GC varia ampiamente, con valori così bassi come il 20% e così alti come quasi l'80%. Due organismi possono avere lo stesso contenuto in GC ma essere abbastanza diversi da un punto di vista sia tassonomico che filogenetico, in quanto, data una particolare composizione in basi del DNA, è possibile ottenere una grande quantità di sequenze. In questo caso l'identico contenuto in GC è privo di significato da un punto di vista tassonomico. Viceversa. Se il contenuto in GC tra due organismi differisce per circa più del 5%, essi avranno in comune poche sequenze di DNA e di conseguenza poco probabilmente risulteranno correlati. La tassonomia molecolare, o chemiotassonomia, impiega invece l'analisi molecolare di uno o più costituenti cellulari. Il più importanti tra i metodi di chemiotassonomia che sono normalmente impiegati è l'ibridazione genomica DNA:DNA. Le sequenze nucleotidiche, come sappiamo, hanno un importanza fondamentale perché se due organismi hanno nei loro DNA molte delle sequenze nucleotidiche uguali, è verosimile che essi contengano molti geni estremamente simili (se non identici). Di conseguenza, ci si aspetta che due DNA ibridizzino l'uno con l'altro in modo proporzionale alle somiglianze delle loro sequenze geniche. L'ibridazione genomica misura dunque il grado di somiglianza di sequenze tra due DNA ed è utile quando il sequenziamento dell'rRNA non risulta definitivo. Si è stabilito che, valori di ibridazione del 70% o maggiori sono raccomandati per considerare due organismi appartenenti alla stessa specie, mentre valori di almeno 25% cono richiesti per asserire che due organismi appartengono allo stesso genere.