Studio computazionale delle interazioni fra il sistema PPAR e molecole di interesse alimentare

Sono state sviluppate diverse funzioni per misurare l’affinità di binding tra il recettore e le possibili pose del ligando generate dagli algoritmi di docking; queste funzioni sono dette funzioni di scoring e classificano complessi proteina-ligando differenti restituendo un valore di energia libera, o score, che è definita come somma dei contributi di entalpia ed entropia. Questi contributi sono dovuti a fattori quali:

• Complementarità geometrica fra superficie del recettore e del ligando
• Energia libera di solvatazione
• Interazioni elettrostatiche e idrofobiche

Pur basandosi su approcci e strategie diverse, la maggior parte delle funzioni di scoring quantifica in modo efficace il contributo entalpico, dovuto esclusivamente alle interazioni non covalenti, considerano solo parzialmente il contributo entropico. Le funzioni di scoring disponibili si possono dividere in tre categorie:

• Force field-based scoring functions: basate su equazioni ricavate dai principi della meccanica classica, che mirano alla rappresentazione più corretta delle molecole e delle loro proprietà chimico-fisiche;

• Empirical-based scoring functions: in cui lo score è dato dalla somma dei diversi contributi relativi alle interazioni non covalenti tra gli atomi;

• Knowledge-based scoring functions: basate su metodi statistici; valutano, per ogni singolo contatto, la frequenza di comparsa nelle strutture ottenute con diffrazione ai raggi X o con spettroscopia NMR, senza riferimenti a misure sperimentali di affinità di legame. La frequenza di comparsa di uno specifico contatto viene considerata indicativa del suo contributo al binding.

Ad ogni programma di scoring possono essere associate una o più funzioni di scoring. Non esiste una combinazione docking-scoring valida per ogni tipo di analisi, ma tali combinazioni vanno valutate in base alle caratteristiche del target.