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Studi bioinformatici per la individuazione di regioni di interesse farmacologico della emoagglutinina influenzale

• AIM: The aim of this work consists on the identification of conserved regions of hemagglutinin of all the subtypes of influenza virus to be used as a rational basis for the design of drugs which are able to interfere with viral infection.
• METHODS: Through the use of protein data banks it was possible to obtain consensus sequences of hemagglutinin of various strain subtypes. The alignment of the latter sequences was done to achieve only one consensus sequence for every subtype. Molecular dynamics calculations were used to refine and to minimize the 3D molecular models of hemagglutinin.
• RESULTS: With bioinformatics methods and pervious works about hemagglutinin activity let us to establish the existence of conserved regions that are necessary for protein motion and function.
• CONCLUSION: Our results suggest the design of possible drugs which are bind able this regions.


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IV RIASSUNTO ξ OBBIETTIVO: Lo scopo di questo lavoro consiste nell’identificazione di regioni conservate dell’emoagglutinina di tutti i sottotipi del virus influenzale che sono coinvolte nella sua attività per poi ipotizzare la creazione di particolari farmaci in grado di interferire con tali regioni. ξ METODI: Banche di dati proteiche sono state utilizzate per raccogliere le sequenze dell’H dei vari sottotipi del virus influenzale e per effettuare l’allineamento in modo da trovare un’unica sequenza consenso. Sono stati utilizzati, inoltre, programmi di dinamica molecolare per raffinare le strutture dei modelli tridimensionali dell’emoagglutinina e per farne la minimizzazione. ξ RISULTATI: L’utilizzo di metodi bioinformatici e studi precedenti sull’attività dell’H ci hanno permesso di stabilire l’esistenza di regioni conservate che sono necessarie per il movimento e la funzionalità della proteina in studio. ξ CONCLUSIONI: I dati ottenuti ci permettono di ipotizzare la creazione di particolari farmaci in grado di interferire con tali regioni.

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Informazioni tesi

  Autore: Daniela Gigliotti
  Tipo: Laurea I ciclo (triennale)
  Anno: 2004-05
  Università: Università degli Studi di Siena
  Facoltà: Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
  Corso: Scienze biologiche
  Relatore: Neri Niccolai
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 22
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Parole chiave

emoagglutinina
expasy
h5n1
ncbi
neuroaminidasi
replicazione
rna
vaccino
virus influenza

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