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Studio della variabilità genetica in Pyrenophora graminea e P. teres mediante tecniche di PCR e RFLP dello spaziatore intergenico del DNA ribosomale

Informazioni tesi

  Autore: Elisabetta Mercatelli
  Tipo: Tesi di Laurea
  Anno: 1998-99
  Università: Università degli Studi di Pisa
  Facoltà: Agraria
  Corso: Scienze e Tecnologie Agrarie
  Relatore: Giovanni Vannacci
  Lingua: Italiano
  Num. pagine: 60

L’intero spaziatore intergenico del DNA ribosomale di diversi isolati di Pyrenophora graminea, P. teres f. teres e P. teres f. maculata è stato amplificato mediante la tecnica PCR. I singoli prodotti di amplificazione hanno mostrato differenze in lunghezza. Sulla base della lunghezza dei prodotti di PCR, che spaziano dalle 3800 bp alle 5100 bp, sono stati identificati tre gruppi in P. teres f. teres, due gruppi in P. graminea ed un gruppo in P. teres f. maculata. L’analisi RFLP sui prodotti di PCR dell’IGS ha evidenziato un’ampia presenza di polimorfismi. Sulla base dei profili elettroforetici delle endonucleasi di restrizione HaeIII, BamHI, SacI, BglII, CfoI, AsnI, EcoRV e HindIII è stato costruito uno schema per il riconoscimento delle specie e delle forme. Gli enzimi HaeIII, CfoI e HindIII hanno identificato bande specie-specifiche mentre AluI identifica sia bande specie-specifiche che bande caratteristiche del genere Pyrenophora. Per conoscere le relazioni filogenetiche tra gli isolati saggiati, sulla base dei prodotti di digestione con le endonucleasi di restrizione, è stato costruito un albero filogenetico con il metodo UPGMA. In P. teres f. teres sono stati identificati tre gruppi, due gruppi in P. graminea ed uno in P. teres f. maculata, gruppi corrispondenti a quelli ottenuti sulla base della lunghezza dell’IGS. Dall’analisi è emerso che esiste una maggiore affinità tra P. graminea e P. teres f. maculata rispetto a P. teres f. teres, infatti questi due organismi sono stati riuniti all’interno dello stesso cluster. Questi risultati suggeriscono che l’analisi della regione IGS fornisce informazioni utili al riconoscimento dell’entità tassonomica il cui status, tuttavia deve essere rivisto. Sulla base dell’esame comparato delle informazioni disponibili in letteratura e dei risultati qui acquisiti, sembra giustificata la riunione delle due specie in una sola, o lo spostamento di P. teres f. maculata in P. graminea. L’analisi PCR-RFLP dell’IGS ha quindi dimostrato di essere una tecnica molto utile per studiare le variazioni intra- ed interspecifiche tra isolati di P. graminea e P. teres, fornendo, nel contempo, strumenti che, se adeguatamente sviluppati potranno portare impagabili vantaggi per la diagnostica e per studi epidemiologici.

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4 RIASSUNTO L’intero spaziatore intergenico del DNA ribosomale di diversi isolati di Pyrenophora graminea, P. teres f. teres e P. teres f. maculata è stato amplificato mediante la tecnica PCR. I singoli prodotti di amplificazione hanno mostrato differenze in lunghezza. Sulla base della lunghezza dei prodotti di PCR, che spaziano dalle 3800 bp alle 5100 bp, sono stati identificati tre gruppi in P. teres f. teres, due gruppi in P. graminea ed un gruppo in P. teres f. maculata. L’analisi RFLP sui prodotti di PCR dell’IGS ha evidenziato un’ampia presenza di polimorfismi. Sulla base dei profili elettroforetici delle endonucleasi di restrizione HaeIII, BamHI, SacI, BglII, CfoI, AsnI, EcoRV e HindIII è stato costruito uno schema per il riconoscimento delle specie e delle forme. Gli enzimi HaeIII, CfoI e HindIII hanno identificato bande specie- specifiche mentre AluI identifica sia bande specie-specifiche che bande caratteristiche del genere Pyrenophora. Per conoscere le relazioni filogenetiche tra gli isolati saggiati, sulla base dei prodotti di digestione con le endonucleasi di restrizione, è stato costruito un albero filogenetico con il metodo UPGMA. In P. teres f. teres sono stati identificati tre gruppi, due gruppi in P. graminea ed uno in P. teres f. maculata, gruppi corrispondenti a quelli ottenuti sulla base della lunghezza dell’IGS. Dall’analisi è emerso che esiste una maggiore affinità tra P. graminea e P. teres f. maculata rispetto a P. teres f. teres, infatti questi due organismi sono stati riuniti all’interno dello stesso cluster. Questi risultati suggeriscono che l’analisi della regione IGS fornisce informazioni utili al riconoscimento dell’entità tassonomica il cui status, tuttavia deve essere rivisto. Sulla base dell’esame comparato delle informazioni disponibili in letteratura e dei risultati qui acquisiti, sembra giustificata la riunione delle due specie in una sola, o lo spostamento di P. teres f. maculata in P. graminea. L’analisi PCR-RFLP dell’IGS ha quindi dimostrato di essere una tecnica molto utile per studiare le variazioni intra- ed interspecifiche tra isolati di P. graminea e P. teres, fornendo, nel contempo, strumenti che, se adeguatamente sviluppati potranno portare impagabili vantaggi per la diagnostica e per studi epidemiologici.

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Parole chiave

dna ribosomale
intergenic spacer
pcr
polymerase chain reaction
pyrenophora graminea
pyrenophora teres
restriction fragment length polymorphism
rflp
striatura bruna dell'orzo
variabilità genetica
spaziatore intergenico

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