I tRNA contengono basi modificate

L'RNA transfer è l'unico fra gli acidi nucleici a contenere basi “insolite”. Una base insolita è una purina o una pirimidina diverse dalle solite A, G, C e U usate per sintetizzare gli RNA ed è prodotta per modificazione di una delle quattro basi dopo l'incorporazione nella catena poliribonucleotidica. Nel tRNA si osserva una vasta gamma di queste modificazioni, che vanno dalla semplice metilazione ad un'estesa ristrutturazione dell'anello purinico, che possono riguardare tutte le parti della molecola di tRNA. Si è visto che esistono più di 50 tipi diversi di base modificate catalizzate da moltissimi enzimi differenti. L'effetto più diretto di queste modificazioni si osserva nell'anticodone, in cui il cambiamento di sequenza influenza la capacità di appaiarsi con il codone, determinando così il significato del tRNA. Infatti, quando le basi dell'anticodone sono modificate, diventano possibili ulteriori schemi di appaiamento oltre a quelli predetti dall'appaiamento regolare e da quello tentennante. Ad esempio, la inosina (I) che è spesso presente nella prima posizione dell'anticodone può appaiarsi con tre basi U, C e A, invece, la 2-tiouridina permette alla base di continuare ad appaiarsi con A, ma le impedisce l'appaiamento tentennante con G. Queste ed altre relazioni di appaiamento portano al concetto generale che vi sono più modi di costruire una serie di tRNA capace di riconoscere tutti i 61 codoni che rappresentano amminoacidi.